Il Museo Diocesano di Trapani è stato eretto con decreto del vescovo Francesco Miccichè il 13 ottobre 2008. Il 6 marzo 2009 il Museo ha iniziato la sua attività con l'inaugurazione del Polo espositivo di Sant'Agostino, in occasione dell'esposizione del Crocifisso ligneo attribuito a Michelangelo. Ha benedetto l'Arcivescovo Metropolita di Palermo S.E. Paolo Romeo alla presenza del Presidente del Senato Renato Schifani e di numerose altre autorità civili, militari e religiose.