Il Museo G. Whitaker, situato nella Palazzina costruita da Giuseppe Whitaker sull'isola di Mozia come abitazione di campagna, accoglie reperti provenienti in massima parte dall'antica città fenicia di Mozia. Oltre alla ormai storica Collezione Whitaker, esposta nell'Ala Whitaker, nelle medesime vetrine di legno dipinte di bianco dei primi del 1900, il Museo ospita una vasta selezione dei materiali provenienti degli scavi moderni effettuati in diversi punti dell'abitato di Mozia (1960-1993), collocati nei locali ricavati dalla ristrutturazione di ambienti di servizio della Palazzina stessa. I visitatori troveranno una sala dedicata interamente alla didattica: un plastico dell'isola di Mozia con l'indicazione delle zone archeologiche e numerosi pannelli illustrati riguardanti la storia dei Fenici e la loro civiltà. Nella sala con il lucernario, il vecchio cortile di servizio della Palazzina Whitaker, è esposta la statua del “Giovane di Mozia”; alle spalle della statua due porte introducono alla nuova esposizione. La grande sala dal tetto a capriate, l'antica cucina Whitaker, ospita le vetrine e i pannelli relativi ai ritrovamenti di epoca preistorica, i materiali delle Fortificazioni e quelli provenienti dalle diverse zone dell'abitato di Mozia. Le attività industriali svolte sull'isola, consistenti perlopiù nella realizzazione di vasi, sono illustrate dagli oggetti provenienti dalla “Zona Industriale a sud della necropoli” e nella “Zona K/K est”. Una grande città come Mozia doveva senz'altro possedere più di un luogo di culto. A tutt'oggi si conosce il santuario di “Cappiddazzu”, del quale è noto l'aspetto architettonico successivo alla distruzione del 397 a.C. Gli scavi del santuario hanno restituito materiali sia fenici che greci ( VII – IV sec. a.C.) ma anche vasellame romano e oggetti di epoca medievale, forse relativi alla frequentazione del luogo da parte dei monaci basiliani che costruirono una basilica proprio sui resti del santuario pagano. Gli scavi inglesi degli anni Sessanta del Ventesimo secolo hanno inoltre individuato due piccoli sacelli esterni alle mura, fuori Porta Nord. La sala posta in fondo è interamente dedicata all'esposizione dei materiali del Tofet, il tipico santuario delle città fenicie di Occidente, scavato da A. Ciasca. Sono presenti le grandi stele iscritte, le protomi e la maschera, oltre a numerosi vasi, relativi alla lunga vita del Santuario. Infine tre vetrine sono riservate all'esposizione dei corredi della necropoli arcaica di Mozia, materiali sia fenici che greci datati dalla fine dell'VIII sec. a.C. al V sec. a.C. Sono anche presentati i corredi della necropoli di Birgi, rinvenuti nel 1996. Un grande pannello bianco costituisce un divisorio tra la nuova esposizione e l'ala Whitaker, con la Collezione di Giuseppe Whitaker, tappa finale dell'itinerario nel nuovo museo, pur essendone il nucleo primitivo. Per i materiali della Collezione è stata conservata l'esposizione, ormai storicizzata, realizzata all'epoca di Whitaker .