Questa riserva, situata nel territorio del comune di Marsala, comprende quattro isole, Mothia, Isola Grande, Scola, Santa Maria, e le saline costiere di San Teodoro, Genna e Ettore Infersa. La riserva prende il nome dallo stagnone, un laguna con acque bassissime, il cui livello è compreso tra i 50 e i 200cm. La vegetazione della riserva è costituita da piante che possono vivere in presenza di un elevato tasso di salinità, come la calendula maritima e la suaeda maritima.