La ricostruzione è avvenuta tra la seconda metà del secolo XVII e gli inizi del XVIII, ad opera della Congregazione delle Anime del Purgatorio, che già nel 1601 si era insediata nella preesistente chiesa del secolo XVI, dedicata ai Santi Fabiano e Sebastiano. La facciata barocca, decorata con poderose colonne tortili, è del 1701. Recenti saggi di scavo lungo le fondamenta della chiesa, hanno messo in luce strutture murarie di un edificio sacro risalente ad epoca protobizantina. L'impianto interno ha pianta basilicale con tre navate. L'abside e le volte della navata centrale e del transetto sono ornate con affreschi (XVII-XVIII secolo), misti a pregevoli stucchi. Oggi è sede dell'Auditorium di Santa Cecilia.